香港是世界上最自由的貿易通商港口之一，給內陸電子商務公司提供了得天獨厚的營商環境。因此，越來越多國內電商企業在香港注冊成立公司，做跨境電商，拓展國際業務。
雖然注冊香港公司有許多好處，但是也是有存在一些弊端需要注意的，下面就介紹下電子商務公司注冊香港公司有哪些弊端以供參考。
一、電子商務公司存在的問題
1．消費觀念落后，單純認為電子商務就是到網上賣東西，缺少商務的理念。
2．網絡基礎設施不足，搜索功能優化問題
3．企業信息化落后，營銷方式的單一性 。
4．網絡安全技術不完善
5．信用體系不健全
6．網上支付系統不完善，支付安全系統問題。
7．物流配送體系社會化程度不高
8．法律環境不統一 （國內電子商務/跨境電商）
a、公司是否對潛在的風險擁有較為完整的認識和應對方案。
b、公司的各項納稅是否符合規范。
9、電商專業人才不足
二、電子商務公司注冊香港公司有哪些弊端
1、電子商務公司在香港公司注冊以后因為是境外公司，受香港公司法約束，因此香港公司都不能處理人民幣業務。無論是在香港開設本地銀行帳戶還是在大陸開設離岸帳戶，都是不能夠接收人民幣的。
2、香港公司并不是萬能的，注冊香港公司后如果是做國際貿易比較合適，但是如果從事國內銷售并不合適，因為香港公司是不能開設invoice的。香港公司沒有大陸的進出口經營權，一樣要用到貿易公司代理出口。
3、香港公司成立后每年是需要年審年報的，此環節會產生幾千元的年審費用，運營成本會相應增加一些。
4、注冊香港公司不能在內地租用寫字樓掛牌經營，內地工商部門是不承認香港公司注冊證書的，因為你的電子商務公司不是在大陸注冊，在大陸沒有任何經營權利，必須在國內的工商部門做登記。
